Il club figura al 46º posto nella graduatoria per tradizione sportiva dei club calcistici e al 51º nella classifica perpetua della Serie A. Nella sua storia ultracentenaria il Messina ha disputato cinque campionati di Serie A, di cui tre consecutivi, e 32 di Serie B. Il miglior piazzamento in Serie A è il settimo posto, raggiunto nella stagione 2004-2005, quando la squadra non ottenne la qualificazione in Coppa Intertoto per mancata licenza UEFA. Il miglior piazzamento nelle coppe è rappresentato dagli ottavi di finale di Coppa Italia.